اسمه الحسين و كنيته أبو علي، عاش و ترعرع في الوسط الشيعي، و كانت له علاقة ودية و تواصل مع بعض الحكومات الشيعية كحكومة آل بويه. و قد اختلفت كلمة الباحثين في انتسابه المذهبي فذهب الاكثر الى عده من علماء و فلاسفة الشيعة؛ نعم، هناك من قال بانه من الشيعة الامامية الاثني عشرية[1]، و ذهبت طائفة اخرى من الباحثين الى القول بانه من الشيعة الاسماعيلية.[2]

و قد صرح ابن سينا بانتساب أبيه و أخيه الى مذهب الاسماعيلية، الا ان المفاهيم و النظريات التي طرحها في مطاوي مصنفاته تكشف عن كونه من الشيعة الاثني عشرية من قبيل اعتباره المعيار في الخلافة النص و العصمة  و ان الاجدر بالخلافة من توفر على العصمة و النص و التصريح بالامامة.

قال في معراج نامة في حاشة الهيات الشفاء: «إنّ أشرف النّاس و أعزّ الأنبياء و خاتم الرّسل، عليه السّلام، قال لمركز الحكمة و فلك الحقيقة و خزانة العقل، أمير المؤمنين على بن أبى طالب، عليه السّلام، الّذي كان بين الصّحابة، الّذين كانوا هم أشرف قبائل العالم، كالمعقول من المحسوس: «إذا تقرّب النّاس إلى خالقهم بأنواع البرّ تقرّب إليه بأنواع العقل تسبقهم".[3]

و قال في موضع آخر: تعيين الخليفة عن طريق النص هو الاقرب للصواب؛ و ذلك لان فيه حسماً للتفرقة و الاختلاف و التعدد.

وقد اثبت ذلك صدر الدين علي بن فضل الجيلاني الطبيب المعاصر للأمير الفندرسكي الفيلسوف المعروف في كتابه "توفيق التطبيق في اثبات ان الشيخ الرئيس من الامامية الاثني عشرية" و قد طبع الكتاب بتحقيق الدكتور مصطفى حلمي عام 1945م.[4]

و كذلك ترجم له العلامة محسن الامين في موسوعة أعيان الشيعة معتبراً الرجل من الشيعة الامامية.[5]