برنامه درسی حوزه های علمیه که هم اکنون تحت نظر مرکز مدیریت حوزه علمیه قم اجرا می شود به این شرح است:

1. دوره مقدمات و سطح یک که شش سال طول می کشد و معمولاً در سه سال اوّل ادبیات عرب و بعضی از دروس دیگر تدریس می شود و سه سال بعد به صورت عمومی فقه (شرح لمعه) و اصول الفقه مرحوم مظفر تدریس می شود.

2. سطح 2 (کارشناسی):  در برنامه های درسی حوزه علمیه علاوه بر تدریس فقه و اصول و رسائل و مکاسب بعضی از رشته های تخصصی هم؛ مثل کلام، تفسیر، تبلیغ و ... وجود دارد که هر فردی علاقه مند باشد می تواند در این رشته ها تحصیلاتش را ادامه دهد.

3. سطح 3 (کارشناسی ارشد):  در این مقطع علاوه بر اتمام سطح لازم است که دو سال مصاحبه درس خارج هم با موفقت سپری شود. به اضافه این که پایان نامه هم نوشته شود.

4. به طور خلاصه دوره سطح طبق برنامه، ده سال طول می کشد، البته اگر کسی توانایی داشته باشد می تواند این سطوح را زودتر به پایان برساند.

بعد از پایان سطح، درس خارج شروع می شود. درس خارج که معمولاً مشتاقان زیادی دارد، مدت آن نزد اساتید و مراجع عظام مختلف است. بعضی از علما "اصول" را در پنج سال بیان می کنند و در نزد بعضی بیش از 15 سال طول می کشد. "فقه" هم معمولاً زمان نسبتاً زیادی را به خود اختصاص می دهد؛ چون با توجه به این که بیش از چهل عنوان موضوعات اصلی فقهی مطرح می شود، یک فقیه باید عمرش را در این راه بگذارد تا بتواند این موضوعات را تبیین و بررسی و تدریس کند.

مجتهد شدن بستگی به استعداد و توانایی هر شخص دارد، شاید یک نفر به همت پشتکار و استعداد خود بتواند با پنج سال شرکت در درس خارج به اجتهاد برسد، ولی دیگری نتواند بعد از پنجاه سال به آن دسترسی پیدا کند.

لازم به توضیح است، اجتهاد ملکه استنباط است و فردی که درس های مقدمات و دروس سطح را خوب خوانده باشد، به ادبیات عرب مسلط باشد و به علم رجال و درایه و... آشنا و مبانی این علوم در ذهنش باشد. شرکت در درس خارج آشنایی به نحوه استنباط احکام است. به بیانی دیگر شرکت در درس خارج آشنایی به متد و روش استنباط احکام است. بقیه مسائل همان گونه که گفتیم بستگی به همت تلاش و توفیق الاهی دارد.