سومین گروهی که حضرت علی(ع) در دوران حکومت کوتاه‌مدت خود به نبرد با آنان پرداختند، خوارج بودند، آنان گروهی از پیروان امام علی(ع) بودند که در جنگ صفین به علت مخالفت با آن‌حضرت در جریان حکمیت از ایشان جدا شده و ابتدا از پیروی حضرتشان سرباز زده و سپس به ایشان اعلان جنگ کردند و از این‌رو به آنان خوارج یا مارقین گفته می‌شود.

گفتنی است؛ تا زمانی که خوارج تنها به اعتراض بسنده می‌کردند، امام علی(ع) نیز با آنان مدارا می‌کرد، اما زمانی که دست به آزار و قتل مردم گشودند، به سوی آنها لشکر کشید و در جنگ نهروان آنها را در هم کوبید.

البته هنگامی که امیر مؤمنان به منطقه نهروان رسید با خطبه‌ای که خواند حدود دو سوم از خوارج توبه کرده و زیر پرچم سفیدی جمع شدند و امام آنها را بخشید، اما بقیه که حدود چهار هزار نفر بودند، به جنگ با امام برخاستند. این جنگ در ابتدای سال 38 قمری به وقوع پیوست که تنها نه نفر از خوارج از این نبرد جان سالم به در بردند.