امام خمینی (ره) در کتاب "کشف الاسرار" ذیل باب "چرا قرآن صریحاً اسم امام را نبرده" استدلالی را مطرح نموده اند که حاصل آن را می توان این گونه بیان کرد که چون نام امامان در قرآن وجود نداشت، افرادی که در صدد محو جریان امامت بودند، نیازی به دستبرد در قرآن و تحریف آن نداشته و همین امر بدان انجامید که قرآن کریم دچار تحریف نشده و مانند تورات و انجیل، به صورت ناقص در اختیار مسلمانان قرار نگیرد، اما اگر نام امامان صریحاً در قرآن ذکر می شد، افرادی که در صدد قدرت طلبی بودند، علاوه بر تجاوز به حریم امامت، قرآن را نیز مورد حمله خود قرار داده و آن بخش هایی را که می توانست به قدرت طلبی شان آسیب وارد کند، از مجموعه قرآن حذف می کردند.

همان گونه که ملاحظه می فرمایید، این استدلال دقیقاً ناظر به عدم تحریف قرآن است و به هیچ عنوان نمی توان از آن استنباط کرد که امام خمینی (ره) معتقد به تحریف قرآن بوده اند. برای آگاهی بیشتر، در متن مورد نظر از کتاب "کشف الاسرار"، دقت فرمایید: " ...آنکه ممکن بود در صورتی که امام را در قرآن ثبت می کردند آنهایی که جز برای دنیا و ریاست با اسلام و قرآن سر و کار نداشتند و قرآن را وسیله اجرای نیات فاسده خود کرده بودند، آن آیات را از قرآن بردارند و کتاب آسمانی را تحریف کنند و برای همیشه قرآن را از نظر جهانیان بیندازند و تا روز قیامت این ننگ برای مسلمانها و قرآن آنها بماند و همان عیبی را که مسلمانان به کتاب یهود و نصاری می گرفتند، عینا برای خود اینها ثابت شود".[1]

البته، شنیده شده است که برخی از افرادی که این کتاب را به زبان عربی برگردانده اند، در ترجمه رعایت امانت را نکرده و آن جایی که ایشان سخن دیگران در مورد تحریف قرآن را بیان می کنند، به گونه ای ترجمه کرده اند که گویا چنین نظری، عقیده مؤلف می باشد.